在分組討論中最大的歧點在於檢察官起訴卷證是否併送以及法院應否依職權調查之問題。由於法務部代表在這兩個提案持不同之意見，而被誤解甚至懷疑改革之誠意。然而，法務部代表在分組會議所提之不同意見，均有其立論之基礎。事實上，刑事訴訟制度應顧及被告人權之保障與犯罪控制之雙重目的。部分人士質疑現行刑事訴訟制度無法保障被告權益，認為在職權主義下，法院依職權調查犯罪證據，有球員兼裁判之嫌，視被告為裁判之客體，其人權難受保護云云。此種歸類方式顯然過於簡陋。按職權主義在十九世紀時固曾質疑將被告視為裁判客體，然透過制度之演變，立法明定無罪推定原則，並賦予被告緘默權，不必為不利自己之陳述，以及選任辯護人等諸多權利，已使被告於審判中享有自主性，不再僅係審判之客體，故以此理由認為職權主義無法保障人權，已非中肯之論。而事實上在採職權主義之德、法等國，其採行此制之歷史猶較我國悠久，惟其國民鮮有指摘該制度無法保障人權者，反而因為併採參審制之結果，使其制度運行更符時代潮流，而各國亦向未有以當事人主義絕對優於職權主義為由而改採者。今日談司法改革，目的乃在使民眾增強對司法之信賴，許多學者均認為當事人主義與職權主義各有優劣，故我們應兼取其合適之優點作為改革之參考，故無論以職權主義或當事人主義為立論基礎，均應受相同之重視。至於主張法院於特定條件下應依職權調查證據，乃係因刑事訴訟攸關國家刑罰權之行使，具有公益性質，檢察官係代表國家追訴犯罪並實行公訴，與民事訴訟之原告係基於個人權益而起訴之情形截然有別，因而認為國家既賦予法院有調查證據之職權，法院即有義務依法執行其職權。故法院為求刑罰權之公正行使，仍應依職權調查證據，本無任意選擇行使之餘地。惟法務部為展現司法改革之誠意，僅主張在特定條件下 ...

一、偵查搜索、扣押、勘驗中選任辯護人如全面實施，在人力上恐有困難。

二、職權主義是否「以犯罪嫌疑為客體」，不宜為簡陋的歸類，以近代刑事訴訟制度兼採

「無罪推定」、「緘默權」、「被告無須為對自己不利之陳述」，被告已有相當之自主性，不應視為球員兼裁判之制度。不宜因此極力主張偵查中選任辯護人之理由。

三、訊問與搜索不同，搜索之先通知，必影響於偵查之順利進行。

故不宜於偵查中規定得於搜索、扣押、勘驗時，選任辯護人。

司法行政權的分配與歸屬：關於在憲法中增定司法院有審判規則制定權乙案，本席認應予保留理由如下：

一、該項權限與立法權扞格：

憲法第六十二條明定，立法院為國家最高立法機關，其權力係由民選之立法委員行使，且憲法第七十五條復明定立法委員不得兼任官吏，其目的即在維持中立客觀；而司法院係最高司法機關，除掌理民事、刑事及行政訴訟外，另掌理司法行政業務，係執法機關之地位，倘於憲法中明定其有審判規則制定權，無異賦予對職掌業務兼有立法之權限，非但不必受到民意機關之監督，且因制定者本身均為政府官吏，亦較難維持如民意機關制定之中立性。

二、雖部分國家如日本於憲法中明定最高法院得制定審判規則，惟該國採類似制度之國家（如美國及菲律賓），雖規定由司法機關制定審判規則，惟其立法機關有權對該審判規則加以修正，從而其審判規則之制定，仍受民意之監督，即實質上仍仰賴於立法機關。

三、有關司法院掌理之民事、刑事、行政訴訟，均己定有民事、刑事、行政訴訟法可供遵循，並確保各該訴訟之公正執行，如社會情事有所變遷，並可藉由立法程序予以修正，迄無窒礙。倘憲法中規定由司法院另行制定審判規則，其中關於訴訟程序事項難免重覆；且其中不無涉及律師及當事人訴訟權益之事項，性質上原宜由具民意基礎之立法機關制定。且若由司法院制定，則於審判規則與上開各訴訟法間發生歧異時，究應以何法優先適用及應如何定位，均不無疑慮。