特別針對第九點到第十一點做簡要說明。第九點部分已於前面程序討論過,我們對於違憲法律之標的,也包括舊刑法100條第1項及懲治叛亂條例第2條第1項。補償條例第8條第1項第2款,依現行法律及證據法則之審查,其所指的現行法,是舊的實體法,即舊刑法100條,做為違法構成要件之認定,至於證據法則則是依現行刑事訴訟法認定。這導致實體與程序法之割裂,也因此必須要連同舊刑法100條第1項及懲治叛亂條例第2條第1項作為解釋之標的。針對第十點,舊刑法100條第1項及懲治叛亂條例第2條第1項侵害那些基本權,第一部分是憲法第14條所保障之結社自由,因刑法100條所適用的結果,多是對有共產思想所集結而成的政治組織來予以肅清,形成了政治刑法的狀態,在適用結果上有必要檢驗第14條之結社自由;另一個基本權是釋字第567號所提及的思想自由,這部分主要是因為動員戡亂時期,一旦涉及共產主義思想,就有可能被羅織入罪,而認定已經構成刑法100條之要件。因此在思想自由部分我們也有所爭執,認有違反比例原則。對於爭點十一,補償條例第8條第1項第2款違反那些憲法上基本原則?我們認為,違反權力分立,原因在於針對過去動員戡亂時期的不當審判案件,應透過訴訟途徑,依憲法第6條訴訟權提出訴訟,由法院審查是否係不當或有當;而非透過基金會認定並進行補償進之。我們認為違反權力分立原則,當然也牴觸正當法律程序原則。